ขนาดอักษร
สำนักวิชาการ
 สำนักโรคไม่ติดต่อ  สำนักโรคติดต่อทั่วไป
 สำนักระบาดวิทยา  สำนักติดต่อนำโดยแมลง
 สำนักโรคจากการประกอบอาชีพและสิ่งแวดล้อม  สำนักโรคติดต่ออุบัติใหม่
 สำนักโรคเอดส์ วัณโรคและโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์  สำนักวัณโรค
 สำนักงานคณะกรรมการควบคุมเครื่องดื่มแอลกอฮอลล์  สำนักควบคุมการบริโภคยาสูบ
 สำนักงานความร่วมมือระหว่างประเทศ  สำนักสื่อสารความเสี่ยงและพัฒนาพฤติกรรมสุขภาพ
กองบริหาร
 กองแผนงาน  กองคลัง
 กองการเจ้าหน้าที่  กลุ่มตรวจสอบภายใน
 กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร  สำนักงานเลขานุการกรม
 ศูนย์สารสนเทศ  ศูนย์อำนวยการบริหารจัดการปัญหาเอดส์แห่งชาติ กรมควบคุมโรค
 สถาบันวิจัย จัดการความรู้ และมาตรฐานการควบคุมโรค
สถาบัน
 สถาบันบำราศนราดูร  สถาบันราชประชาสมาสัย
สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 1 - 12
 สคร. 1 เชียงใหม่  สคร. 2 พิษณุโลก
 สคร. 3 นครสวรรค์  สคร. 4 สระบุรี
 สคร. 5 ราชบุรี  สคร. 6 ชลบุรี
 สคร. 7 ขอนแก่น  สคร. 8 อุดรธานี
 สคร. 9 นครราชสีมา  สคร. 10 อุบลราชธานี
 สคร. 11 นครศรีธรรมราช  สคร.12 สงขลา
 สถาบันป้องกันควบคุมโรคเขตเมือง